Da wikituscia 
Il centro abitato attuale si trova tra le colline Poggio Aguzzo e le Querciole, ad un altitudine circa 329 m.s.l.m.. Il centro storico sorge sui resti una villa romana, risalente al III e al IV sec. d.C. e cui rimangono ancora alcuni resti pavimentali con mosaici in bianco e nero.
Il paesaggio circostante il paese, presenta le peculiarità tipiche della zona della Tuscia, tra oliveti e boschi cerro e castagno.
Nelle vicinanze Villa San Giovanni in Tuscia, ci sono le necropoli etrusche “Ponton Graziolo” e del “Grottone”, con numerose testimonianze e reperti, molto interessanti da vedere.
Sul territorio, come in gran parte della Tuscia, sono state ritrovate molte testimonianze insediamenti etruschi e età Imperiale.
Alcuni resti un antica residenza campagna, risalente al III o IV sec. d.C., sono a dimostrazione della vita agricola e sociale dell’epoca, quando il latifondismo romano si sostituì completamente all’economia etrusca.
Le origini del paese quale comunità organizzata risalgono al XVI secolo quando il pontefice Leone X, in segno riconoscenza per i numerosi servigi prestati alla Chiesa, concesse questi territori al condottiero Renzo da Ceri della famiglia Orsini– Anguillara i cui discendenti fondarono il Borgo San Giovanni in onore un componente della famiglia stessa.
Fino al XV secolo si susseguirono lotte tra le signorie, le incursioni che segnarono maggiormente la città furono quelle dei Longobarre Liutprando e Federico II.
Nel corso dei secoli San Giovanni fu sempre contesa tra le Signorie locali e la Chiesa e passò dai Di Vico agli Orsini e da questi ultimi agli Anguillara, fino a quando papa Pio II decise concedere il feudo nella Camera Apostolica che lo diede in affitto.
Dal 1283 al XIX secolo il paese rimane assoggettato al diritto feudale Roma, motivo per cui ancor oggi conserva l’epiteto “Romano”.
Intorno XVII sec. l’insediamento diventa Comune con il nome S.Giovanni Bieda, nome che verrà mantenuto fino al 1961, quando verrà trasformato in Villa San Giovanni in Tuscia.
Il paese costituisce uno splendido esempio borgo medievale. Definito da una strada principale fiancheggiata da due strade parallele secondarie, cui si accede attraverso la porta Romana, che si apre su robuste mura fortificate con torri cilindriche e quadrate.