Da wikituscia 
Nel 1172 e gli eserciti Viterbo e Celleno attaccarono e distrussero Ferento. Quella Viterbo era una tentazione che rispondeva alla voglia allargare il suo territorio in direzione della Valle del Tevere per beneficiare dell’importanza essa come via comunicazione verso Roma.
Fu allora, in conseguenza questo tragico evento (Grotte Santo Stefano non esisterebbe senza la distruzione Ferento) che gli abitanti Ferento fuggirono. Fuggirono principalmente verso Magugnano, piccolo nucleo abitato e già allora esistente. Due furono, principalmente, i motivi che indussero i ferentani in fuga a scegliere quella località: Erano zone che conoscevano e, per più, facevano parte una zona che aveva forti legami con la distrutta Ferento. Un modo forse per continuare a sentirsi “a casa” e più protetti. Ma dove andare a vivere? Nelle grotte che si trovavano in quella che, ora, è la parte più bassa Grotte Santo Stefano, proprio sotto il Centarello, lungo la via Santo Stefano.
Passeggiando per questa parte del paese è possibile vedere ancora molte queste grotte, anche se moltissime sono state, nel tempo, trasformate in cantine, depositi ma, soprattutto, ricoveri per animali. E già da questa prima osservazione si comincia a capire il motivo dello strano e disordinato disegno urbano: moltissime delle case sono state edificate sopra le grotte e queste, necessariamente, seguono la disposizione. Le stesse grotte si sono adeguate al territorio e alla sua conformazione. Motivo per cui, ora, case e strade, appaiono come un disordinato Sali e scendi.
Fino al 2 gennaio 1927 era un comune della provincia Roma. Con la riforma delle province attuata da Benito Mussolini, a partire dall’anno successivo fu aggregato a Viterbo assieme ai territori di Bagnaia, San Martino al Cimino e in seguito (dal 1946, D.L.del Capo Provvisorio dello Stato 20 settembre 1946 n. 287) Roccalvecce.
All’epoca, in disputa con Viterbo per l’elevazione al rango Provincia era Civitavecchia che perse l’opportunità, proprio perché Viterbo riuscì con le aggregazioni altri comuni ad incrementare il proprio territorio e il numero degli abitanti.
Gli abitanti nel 1974 e 1985 tentarono ricostituire il Comune autonomo, ma i tentativi non ebbero gli esiti sperati e, pur restando a 16 km distanza da Viterbo e con una popolazione circa 3.800 abitanti con origini e tradizioni diverse, Grotte Santo Stefano resta praticamente un “quartiere decentrato” Viterbo.