Il suo nome compare per la prima volta in un documento del Regesto farfense (817) dove è menzionato un fundum Carbonianum proprietà dell’Abbazia Farfa. La storia è legata alle vicende del castello che ancora oggi è sito nel centro del paese con una torre quadrata, curiosamente coperta da una tettoia, che si erge su un gruppo vecchie case. Le origini del paese, comunque, sono antichissime e si perdono addirittura in epoca pre-romana. Carbognano è menzionato per la prima volta nell’anno 817 in un documento del Regesto farfense dove compare un fundum Carbonianum proprietà della potente abbazia sabina Farfa.
Le origini Carbognano sono molto antiche e sembrano risalire ad epoca Etrusca e Romana. La sua posizione a ridosso dei monti Cimini, nella parte meridionale dell’Etruria, lascia immaginare che il territorio sia stato considerato fin dal IV secolo a.C., un presidio strategico. Lo testimoniano alcuni rudimentali sepolcreti in località Costa dei galli che dovettero servire più a soldati e genti passaggio che a una comunità stabilmente insediata nel luogo.
Notizie certe si hanno soltanto a partire dal X secolo quando il feudo risulta iscritto tra i possedimenti dell’Abbazia Farfa. Nel secolo XIV appartenne alla potente famiglia dei Prefetti Vico e successivamente passò tra i possedimenti della Camera Apostolica. Nel 1494 Papa Alessandro VI Borgia decise concedere Carbognano ad Orsino Orsini, signore di Bassanello e a sua moglie Giulia Farnese, che vi soggiornò fino al 1522. Dopo lei sua figlia Laura lo lasciò in eredità a Giulio della Rovere, nato dal suo matrimonio con Nicolò della Rovere.
Nel 1630, Papa Urbano VIII Barberini elevò Carbognano a Principato proprietà della famiglia Colonna dai quali aveva acquistato il principato Palestrina, che poi assunsero il cognome Colonna Barberini Sciarra, a cui rimase fino al 1870.